Budući da protein S veže i pomaže aktiviranom proteinu C u razgradnji koagulacijskih faktora Va i VIIIa, nedostatak proteina S predisponira razvoju venske tromboze.

(Vidi također Pregled trombotskih poremećaja.)

Protein S, protein ovisan o vitaminu K, kofaktor je aktiviranom proteinu C za cijepanje faktora Va i VIIIa.

Heterozigotni nedostatak proteina S u plazmi pogoduje nastanku venske tromboze. Nedostatak heterozigotnog proteina S sličan je nedostatku heterozigotnog proteina C u genetskom prenošenju, učestalosti, laboratorijskom testiranju, liječenju i mjerama opreza.

Homozigotni nedostatak proteina S može uzrokovati neonatalnu fulminantnu purpuru koja se klinički ne razlikuje od one uzrokovane homozigotnim nedostatkom proteina C.

Stečeni nedostatak proteina C (ubrzo nakon toga i proteina S) javlja se tijekom diseminirane intravaskularne koagulacije (DIK) i terapije varfarinom.

Dijagnoza se temelji na antigenskoj analizi ukupnog ili slobodnog plazmatskog proteina S (slobodni protein S je oblik nevezan za molekulu nosača proteina S, C4- vežući protein).

Liječenje nedostatka proteina S povezanog s venskom trombozom identično je liječenju nedostatka proteina C, uz jednu iznimku. Budući da ne postoji pročišćeni koncentrat proteina S dostupan za transfuziju, normalna plazma se koristi za zamjenu proteina S tijekom hitnoće.

Za navedeni poremećaj, moguća je, ali još uvijek nije potvrđena mogućnost primjene direktinih oralnih antikoagulantnih lijekova (DOAK) koji inhibiraju trombin (dabigatran) ili faktor Xa (npr, rivaroksaban, apiksaban) umjesto drugih antikoagulantnih lijekova.