Genetička dijagnostička tehnologija

Autor: David N. Finegold, MD

Tehnologija genetičke dijagnostike vrlo brzo napreduje. DNA ili RNA se mogu amplificirati, producirati mnogo kopija gena ili genskog segmenta, koristeći PCR.

(Vidi i Pregled genetike.)

Genske sonde mogu se koristiti za pronalaženje specifičnih segmenata normalne ili mutirane DNA. Različiti tipovi sondi mogu istražiti široko raspon veličina DNA sekvenci. Poznati dio DNA segmenta može se klonirati i zatim označiti (fluorescentnom hibridizacijom in situ[FISH]); ovaj segment se onda kombinira s ispitnim uzorkom. Označeni DNA veže se za komplementarni DNA segment i može se otkriti mjerenjem veličine i količine fluorescencije. Genske sonde mogu otkriti brojne poremećaje prije i poslije rođenja.

Oligonukleotidni nizovi (sonde) su druga vrsti sondi koja se danas rutinski koriste za identificiranje izbrisanih ili dupliciranih područja DNA sekvence u specifičnih kromosoma na osnovi genoma. DNA pacijenta se uspoređuje s referentnim genom pomoću oligonukleotidnih sondi. Korištenjem takvih sondi može se testirati cijeli genom.

Mikročipovi su snažni novi alati koji se mogu koristiti za identificiranje DNA mutacija, dijelova RNA ili proteina. Jedan čip može testirani milijune različitih DNA promjena koristeći samo jedan uzorak. Mikročipovi pružaju bolju rezoluciju za genom u usporedbi s oligonukleotidnim sondama.

Tehnologije sekvencioniranja sljedeće generacije dramatično su promijenile pristup genetičkim dijagnozama. Ova tehnologija uključuje razbijanje genoma na manje dijelove, sekvenciranje segmenata i zatim ponovno sastavljanje segmenata korištenjem intenzivnih računalnih tehnika da se dobije baza po baza čitavog slijeda genoma ili ograničene regije kao što je izraženi dio genoma poznat kao egzom. Ovaj proces pomaže identificirani pojedine ili multiple nukleotidne varijacije kao i područja umetanja ili brisanja. Troškovi ovih tehnologija padaju i nastavljaju padati. Opreme i metode računanja također se kontinuirano poboljšavaju.

Ova revolucionarna tehnologija pomaknula je tehnološki značaj s genetske dijagnostike na tehnologiju sekvencioniranja sljedeće generacije. Smatra se da pošto se ova tehnologija kontinuirano brzo razvija, da će postati temelj genske dijagnostike. Međutim, sama količina podataka koja nastane sekvencioniranjem egzoma ili genoma rezultira nizom interpretacijskih problema koji kompliciraju razumijevanje rezultata. Unatoč ovim problemima, čini se da je ovo tehnologija budućnosti.