• Difuzna infekcija, što je posljedica encefalitisa, ponekad zahvaća određena područja mozga

• Upala mozga koja je sekundarna infekcije meninga ili parameningealne infekcije

• Žarišne (fokalne) infekcije (npr. zbog apscesa mozga ili gljivične ili parazitarne moždane infekcije poput neurocisticerkoza)

Encefalitis je obično posljedica virusne infekcije herpes simplex-om, herpes zoster-om, cytomegalovirus-om, ili virusom Zapadnog Nika (West Nile virus). Infekcija HIV-om i prionske bolesti također difuzno zahvaćaju mozak .

Infekcije "sporim" virusima, kao što su progresivna multifokalna leukoencefalopatija (uzrokovana JC virusom), ili subakutni sklerozirajući panencefalitis (uzrokovan virusom ospica) također utječu na mozak; njih odlikuje duga inkubacija i produžen tijek bolesti.

Određene nezarazne bolesti mogu oponašati encefalitis. Na primjer anti-NMDA (N-metil-d-aspartate) encefalitis, koji uključuje autoimuni proces koji zahvaća proteine neuronskih membrana.

Multifokalno zahvaćanje mozga može biti posljedica akutnog difuznog diseminirajućeg encefalomijelitisa (kao postinfekciozni sindrom).